המחלקה לחינוך מיוחד אחראית על טיפול בילדים בעלי צרכים מיוחדים בגילאי 3-21 למען שילובם במסגרות חינוכיות בהתאמה לצרכיהם. תחומי אחריות: ועדות איפיון וזכאות וועדות שיבוץ, ליווי ומעקב אחר שילוב התלמידים במסגרת, הכשרה מקצועית של תומכות החינוך בחנ"מ, טיפול בקבלת זכאות לליווי רפואי בחינוך הרגיל, ריכוז שעות תמיכה, השגת תקציבים ייעודיים להצטיידות והנגשות טכנולוגיות.